Sebelum Tuhan kita, Yesus Kristus naik ke sorga, Dia menyampaikan dua amanat yang terakhir kepada murid-murid-Nya dan gereja-Nya hari ini:

Pertama: “Kepada-Ku telah diberikan segala kuasa di sorga dan di bumi. Karena itu pergilah, jadikanlah semua bangsa murid-Ku dan baptislah mereka dalam nama Bapa dan Anak dan Roh Kudus, dan ajarlah mereka melakukan segala sesuatu yang telah Kuperintahkan kepadamu. Dan ketahuilah, Aku menyertai kamu senantiasa sampai kepada akhir zaman.” – Matius 28:18-20

Kedua: “Kamu akan menerima kuasa, kalau Roh Kudus turun ke atas kamu, dan kamu akan menjadi saksi-Ku di Yerusalem dan di seluruh Yudea dan Samaria dan sampai ke ujung bumi.” – Kisah Para Rasul 1:8

Kami percaya dengan segenap hati bahwa ayat-ayat di atas adalah amanat Tuhan yang sangat penting dan positif kepada Gereja Tuhan. Dan kami menyadari sepenuhnya apabila amanat yang serius ini tidak ditanggapi dan diresponi  dengan serius pasti akan membawa suatu akibat yang serius, dimana Gereja Tuhan dipanggil untuk bertanggung jawab.

Demi mewujudkan cita-cita dan tanggung jawab di atas, maka pada tanggal 11 November 1997, kami, para pemimpin Gereja-Gereja Tionghoa di Jakarta, mengadakan pertemuan bersama dan menyepakati untuk menggabungkan beberapa Pelayanan dan Persekutuan yang ada ke dalam satu wadah baru, yang disebut Pusat Pelayanan Gereja-Gereja Injili Indonesia (PPGII), yang kemudian diresmikan pada tanggal 29 Agustus 1998. Maka secara historis, PPGII ini adalah gabungan dari:

1. Gerakan Penginjilan Menuju Era 2000
2. Pusat Pelayanan Musik Gerejawi
3. Pusat Pelayanan Literatur Mandarin
4. Chinese Congress on World Evangelization in Indonesia
5. Persekutuan Gereja-Gereja Kristen Tionghoa Jakarta
6. Persekutuan Doa Gereja-Gereja Kristen Tionghoa Jakarta
7. Persekutuan Doa Gabungan Wanita Gereja-Gereja Kristen Tionghoa Jakarta

Dengan semangat kesatuan dan  persatuan dalam kerja sama yang baik serta dinamika kegiatan pelayanan yang nyata di Jakarta dan di daerah, kemudian didirikan cabang-cabang pelayanan di berbagai wilayah di Indonesia, yaitu:

1. PPGII Wilayah Jakarta
2. PPGII Wilayah Sumatera Utara
3. PPGII Wilayah Sumatera Selatan
4. PPGII Wilayah Kalimantan Barat
5. PPGII Wilayah Batam – Riau
6. PPGII Wilayah Jawa Tengah
7. PPGII Wilayah Malang
8. PPGII Wilayah Bali, Nusa Tenggara Timur dan Nusa Tenggara Barat
9. PPGII Wilayah Bangka – Belitung
10. PPGII Wilayah Sulawesi Selatan
11. PPGII Wilayah Jawa Barat
12. PPGII Wilayah Surabaya
13. PPGII Wilayah Jambi
14. PPGII Wilayah Kalimantan Timur
15. PPGII Wilayah Manado

Dalam pertumbuhan dan perkembangannya yang begitu pesat dalam kurun waktu kurang dari 10 tahun, yang disertai dengan kesehatian dalam bekerja sama dan rasa persaudaraan yang baik, melalui pergumulan dan doa serta perbincangan diskusi yang berkepanjangan, kemudian mendapat rekomendasi dari beberapa Gereja dan Sinode, maka akhirnya kami memutuskan untuk meningkatkan status pelayanan PPGII menjadi suatu lembaga  gerejawi, dengan harapan dapat menjadi wadah kesatuan dan persatuan serta kerja sama Gereja-Gereja Tionghoa di seluruh tanah air Indonesia.

Selanjutnya,  pada tanggal 27 Februari 2007,  dalam Rapat tahunan PPGII yang dihadiri oleh anggota Dewan Perencana dan Strategi PPGII beserta seluruh utusan PPGII Wilayah, disepakati dan diputuskan untuk meningkatkan Pusat Pelayanan Gereja-Gereja Injili Indonesia (PPGII) menjadi PERSEKUTUAN GEREJA-GEREJA TIONGHOA DI INDONESIA (PGTI), dalam bahasa Tionghoa: YIN NI HUA REN JI DU JIAO HUI LIAN HUI, disingkat: YIN HUA JI LIAN, dalam bahasa Inggris COMMUNION OF CHINESE CHURCHES IN INDONESIA, disingkat COCCI.

Dengan adanya rekomendasi dari 10 Gereja dan Sinode maka pendirian PGTI ini telah terdaftar dan mendapatkan pengakuan dari Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen Departemen Agama Republik Indonesia melalui surat keputusan Nomor: DJ.III/Kep/HK.005/225/3909/2007 tanggal 1 Agustus 2007 tentang Pendaftaran Persekutuan Gereja-Gereja Tionghoa di Indonesia (PGTI).

Menyadari bahwa ada banyak Gereja Tionghoa di Indonesia yang sudah terbentuk jauh sebelum Proklamasi Kemerdekaan Republik Indonesia tanggal 17 Agustus 1945, sudah membuka diri melayani setiap jiwa yang datang ke hadapan Tuhan tanpa membedakan asal maupun suku, maka keberadaan Gereja-gereja Tionghoa di Indonesia sudah menyatu dan membaur dengan kehidupan berbangsa dan bernegara di Indonesia. Berbagai keragaman Sinode Gereja Tionghoa di Indonesia telah ditempatkan Tuhan untuk melayani Nusantara dari Sabang hingga Merauke, bahkan dalam perkembangannya ada banyak Sinode yang telah melayani berbagai kalangan jemaat bukan dari kalangan warga Tionghoa saja.

Oleh karena itu PGTI sebagai badan kerja sama Gereja-Gereja Tionghoa yang diakui oleh Pemerintah mengajak Gereja-Gereja Tionghoa untuk semakin mempererat kesatuan dan kerja sama dalam melayani bangsa dan negara Indonesia. Adanya berbagai keragaman kalangan jemaat yang menjadi anggota jemaat Gereja Tionghoa menunjukkan  bahwa sebenarnya gereja-gereja Tionghoa siap melayani berbagai kalangan di masyarakat dalam lingkup yang lebih luas lagi, yakni membantu pengentasan keterbelakangan, kemiskinan dan kesengsaraan di pedalaman, daerah-daerah tertinggal serba berkekurangan dan daerah-daerah yang dilanda bencana di seluruh nusantara.

Adanya pelayanan bersama dalam satu wadah yang besar dan terarah akan kian mempererat jaringan kerja sama antar Gereja-gereja Tionghoa yang telah terbentuk selama ini, semakin meningkatkan keterbukaan, saling membantu dan saling menguatkan, dan semakin disadarkan bahwa ada satu visi dan ladang pelayanan dalam lingkup nasional dan regional yang jauh lebih besar yang perlu digarap bersama-sama. Untuk itu keanggotaan PGTI tidak terbatas pada Gereja-gereja Tionghoa tradisional tapi juga gereja-gereja Tionghoa yang telah berkembang melayani berbagai kalangan, dengan satu kesadaran bahwa Kristus telah memberikan masing-masing bagian pada tiap-tiap jemaat-Nya, dan kerja sama yang harmonis tiap-tiap bagian dalam satu kesatuan tubuh Kristus ini dapat melakukan satu karya yang besar bagi kemuliaan Nama Tuhan.